历史研究所前身系1978年成立的福建省哲学社会科学研究所历史研究室，1983年更名为历史研究所。该所成立初期，以研究福建地方史特别是近代史为主。随着时代的发展和研究人员的变迁，福建地方历史文化和闽台关系史成为主要研究方向，形成福建区域文化史、福建近代海军史、福建海洋史、闽台关系史、福建民族史以及妈祖文化、客家文化、宋明理学、闽都文化等特色研究门类。近年来出版了《福建通史》（五卷本）、《福建民间信仰源流》、《福建思想文化史纲》、《近代福建海军史》等论著。
所 长：刘传标
副所长：麻健敏
开展福建地方史、闽台关系史、闽台文化史、闽台民间信仰、中国海洋史等的研究工作。
